Wielocechowa analiza międzypopulacyjna układu grupowego krwi RH
- Szczegóły
- Kategoria: analizy międzypopulacyjne grup krwi
Celem analizy skupień było sprawdzenie czy populacje z całego świata da się podzielić wg wariantów układu grupowego krwi RH, na regionalne grupy, podobnie jak przy analizach autosomalnego DNA.
Zobacz też mapy częstości występowania antygenów z układu RH (globalne oraz dla Europy)
W analizie wykorzystano 7 rodzajów zestawów antygenów (CDE / Rz, CDe / R1, Cde / г1, cDE / R2, cdE / r'', cDe / R0, cde / r), występujących z różną częstotliwością procentową w badanych populacjach. Wszystkie dane z obszernej listy zamieszczonej w pracy Benevolenskej [1]. Do niedawna byłą tu pomyłka w autorze i tytule artykułu, sorry:)
Wszystkich populacji było 151. Podzieliłem je na 29 grup regionalnych i obliczyłem dla nich średnie wartości. Główna analiza opiera się o grupy regionalne. Ale niżej jest też podział wg wszystkich populacji.
Pobierz arkusz z procentowymi częstościami antygenów i wartościami głównych składowych dla badanych populacji
Mimo że do analizy wielocechowej użyto tylko 7 cech (w tym przypadku wariantów antygenów) i dotyczących tylko jednego układu grupowego krwi, nastąpił podział na grupy regionalne odpowiadające odmianom / wielkim rasom geograficznym i mniejszym podziałom wśród nich. Ciekawe jest stanowisko Ajnów, nawiązujących do australijskich Aborygenów, z którymi wg części antropologów mają wiele wspólnego [zobacz tu].
Oczywiście podział wg autosomalnego DNA jest bardzo zbliżony.
Wykres Principal Component Analysis (PCA)
Dla grup regionalnych (przydzieliłem im arbitralnie grupy, ale jak widac poprawnie)
Dendrogram (UPGMA - metoda nieważonych średnich połączeń) wg metryki odległości euklidesowej
Jeden klaster tworzą populacje odmiany czarnej, druga wielka gałąź dzieli się na populacje odmiany białej oraz wielki klaster grupujący odmianę żółtą i australoidów.
Ten zaś dzieli się na Azję południowo-wschodnią i pochodne od niej populacje Papui, Melanezji i Mikronezji i jedną populację z Australii.
Druga podgrupa tego klastra dzieli się na Azję środkowo-wschodnią i północnowschodnią wraz z Ameryką oraz grupę zawierającą w sobie większość populacji australijskich i co ciekawe Ajnów.
Dendrogram (UPGMA - metoda nieważonych średnich połączeń) wg metryki odległości Mahnattan
Tu jest różnica w połączeniu Azji płd-wsch, Mikronezji i Melanezji z australijskimi Aborygenami, co jest bardziej logiczne. Za to Ajnowie są bardziej odrębni od wszystkich, ale i tak znowu łączą się z południem Azji niż północą, gdzie obecnie mieszkają.
Wykres Principal Component Analysis (PCA) w 3D.
Można go obracać. PC1 oś x, PC2 oś y, PC3 oś z.
Detrended Correspondence Analysis (DCA)
kliknij aby zobaczyć w powiększeniu
Dendrogram (UPGMA - metoda nieważonych średnich połączeń) wg metryki odległości euklidesowej
Wzięte pod uwagę wszystkie populacje (opisane w arkuszu wyżej zamieszczonym) z opracowania Benevolenskej bez grupowania w większe klastry regionalne jak wyżej.
Patrząc od prawej mamy podział na populację odmiany czarnej, oddzielającą się od wszystkich. Następny podział następuje na odnogę północno-azjatycką i amerykańską i kilka populacji z Polinezji i Australii. Znaleźli się też tam Lapończycy zgrupowani z zachodniosyberyjskimi Ketami, co jest ciekawym powiązaniem.
Drugie odgałęzienie to Azja południowo-wschodnia I Oceania oraz populacje odmiany białej od Europy do Indii, z podziałem na grupy regionalne. Populacje z Europy południowej grupują się z pozaeuropejskimi przedstawicielami szeroko pojętej odmiany białej. Chamorro z Mikronezji to ludność mieszana.
Australoidzi skupiają się głównie w jednym klastrze z Azją południowo-wschodnią i Oceanią, ale kilka populacji grupuje się też z Indianami amerykańskimi . W sumie przodkowie Australoidów by dostać się do Australii musieli przejść przez Azję i jak wskazują najnowsze badania genetyczne [zobacz Rassmusen et al., 2014] oddzielili się od wszystkich nie-Afrykanów najwcześniej, stąd przodkowie Paleo-Indian, który oddzieli się od Azjatów później, ale również wiele tysięcy lat temu, mogą mieć z nimi więcej wspólnego w niektórych cechach. Niektórzy antropolodzy uznają też znaleziska z Ameryki jak np. Lagoa Santa [zobacz] za zbliżone do Aborygenów i Melanezyjczyków i uznają że pierwsza fala przybyszy do Ameryki była do nich zbliżona morfologicznie. Względnie co najmniej prawdopodobne to przypadkowe zbieżności.
Ajnowie w tym dendrogramie są są na najniższym poziomie w stosunku do grupy skupiającej większość populacji Aborygenów. Weddowie i druga populacja z Indii zgrupowana z jedną populacji australijskich to nawiązanie do koncepcji wiążących weddoidów z rasą australoidalną? Ale powiązanie Indian Keczua to prawie na pewno przypadkowa zbieżność.
kliknij aby zobaczyć w powiększeniu
Wykres Principal Component Analysis (PCA)
Wykres wyszedł bardzo ciekawie i tworzy charakterystyczny układ, zbliżony do trójkąta, jak na niektórych wykresach, szczególnie PCA wg autosomalnego DNA (zobacz).
kliknij aby zobaczyć w powiększeniu
Wykres Principal Component Analysis (PCA) w 3D.
Można go obracać. PC1 oś x, PC2 oś y, PC3 oś z.
autor portalu: Łukasz M.
Na podstawie:
Benevolenskaja J. D., O haraktere polimorfisma populacji celoveka po sistema Rezus [w:] red. Alekseev V.P., Antropologija i Genografija, 1974