Home Wielocechowe analizy statystyczne - genetyka populacyjna globalne analizy międzypopulacyjne grup krwi Wielocechowa analiza międzypopulacyjna układu grupowego krwi RH

Wielocechowa analiza międzypopulacyjna układu grupowego krwi RH

 Celem analizy skupień było sprawdzenie czy populacje z całego świata da się podzielić wg wariantów układu grupowego krwi RH, na regionalne grupy, podobnie jak przy analizach autosomalnego DNA.

Zobacz też mapy częstości występowania antygenów z układu RH (globalne oraz dla Europy)

W analizie wykorzystano 7 rodzajów zestawów antygenów (CDE / Rz, CDe / R1, Cde / г1, cDE / R2, cdE / r'', cDe / R0, cde / r), występujących z różną częstotliwością procentową w badanych populacjach. Wszystkie dane z obszernej listy zamieszczonej w pracy Benevolenskej [1]. Do niedawna byłą tu pomyłka w autorze i tytule artykułu, sorry:)

Wszystkich populacji było 151. Podzieliłem je na 29 grup regionalnych i obliczyłem dla nich średnie wartości. Główna analiza opiera się o grupy regionalne. Ale niżej jest też podział wg wszystkich populacji.

Pobierz arkusz z procentowymi częstościami antygenów i wartościami głównych składowych dla badanych populacji

Mimo że do analizy wielocechowej użyto tylko 7 cech (w tym przypadku wariantów antygenów) i dotyczących tylko jednego układu grupowego krwi, nastąpił podział na grupy regionalne odpowiadające odmianom / wielkim rasom geograficznym i mniejszym podziałom wśród nich. Ciekawe jest stanowisko Ajnów, nawiązujących do australijskich Aborygenów, z którymi wg części antropologów mają wiele wspólnego [zobacz tu].

Oczywiście podział wg autosomalnego DNA jest bardzo zbliżony.

 

Wykres Principal Component Analysis (PCA)

Dla grup regionalnych (przydzieliłem im arbitralnie grupy, ale jak widac poprawnie)

PCA-rh

 

 Dendrogram (UPGMA - metoda nieważonych średnich połączeń)  wg metryki odległości euklidesowej

Jeden klaster tworzą populacje odmiany czarnej, druga wielka gałąź dzieli się na populacje odmiany białej oraz wielki klaster grupujący odmianę żółtą i australoidów.

Ten zaś dzieli się na Azję południowo-wschodnią i pochodne od niej populacje Papui, Melanezji i Mikronezji i jedną populację z Australii.

Druga podgrupa tego klastra dzieli się na Azję środkowo-wschodnią i północnowschodnią wraz z Ameryką oraz grupę zawierającą w sobie większość populacji australijskich i co ciekawe Ajnów.

rh-eucl

 

 

 Dendrogram (UPGMA - metoda nieważonych średnich połączeń)  wg metryki odległości Mahnattan

Tu jest różnica w połączeniu Azji płd-wsch, Mikronezji i Melanezji z australijskimi Aborygenami, co jest bardziej logiczne. Za to Ajnowie są bardziej odrębni od wszystkich, ale i tak znowu łączą się z południem Azji niż północą, gdzie obecnie mieszkają.

rh-manhattan

 

 

 Wykres Principal Component Analysis (PCA) w 3D.

Można go obracać. PC1 oś x, PC2 oś y, PC3 oś z.

kliknij aby otworzyć

newplot5

 pca-all-rh

 

Detrended Correspondence Analysis (DCA)

kliknij aby zobaczyć w powiększeniu

dca-rh

 

Dendrogram (UPGMA - metoda nieważonych średnich połączeń)  wg metryki odległości euklidesowej

Wzięte pod uwagę wszystkie populacje (opisane w arkuszu wyżej zamieszczonym) z opracowania Benevolenskej bez grupowania w większe klastry regionalne jak wyżej.

Patrząc od prawej mamy podział na populację odmiany czarnej, oddzielającą się od wszystkich. Następny podział następuje na odnogę północno-azjatycką i amerykańską i kilka populacji z Polinezji i Australii. Znaleźli się też tam Lapończycy zgrupowani z zachodniosyberyjskimi Ketami, co jest ciekawym powiązaniem.

Drugie odgałęzienie to Azja południowo-wschodnia I Oceania oraz populacje odmiany białej od Europy do Indii, z podziałem na grupy regionalne. Populacje z Europy południowej grupują się z pozaeuropejskimi przedstawicielami szeroko pojętej odmiany białej. Chamorro z Mikronezji to ludność mieszana.

Australoidzi skupiają się głównie w jednym klastrze z Azją południowo-wschodnią i Oceanią, ale kilka populacji grupuje się też z Indianami amerykańskimi .  W sumie przodkowie Australoidów by dostać się do Australii musieli przejść przez Azję i jak wskazują najnowsze badania genetyczne [zobacz Rassmusen et al., 2014] oddzielili się od wszystkich nie-Afrykanów najwcześniej, stąd przodkowie Paleo-Indian, który oddzieli się od Azjatów później, ale również wiele tysięcy lat temu, mogą mieć z nimi więcej wspólnego w niektórych cechach. Niektórzy antropolodzy uznają też znaleziska z Ameryki jak np. Lagoa Santa [zobacz] za zbliżone do Aborygenów i Melanezyjczyków i uznają że pierwsza fala przybyszy do Ameryki była do nich zbliżona morfologicznie. Względnie co najmniej prawdopodobne  to przypadkowe zbieżności.

Ajnowie w tym dendrogramie są są na najniższym poziomie w stosunku do grupy skupiającej większość populacji Aborygenów. Weddowie i druga populacja z Indii zgrupowana z jedną populacji australijskich to nawiązanie do koncepcji wiążących weddoidów z rasą australoidalną? Ale powiązanie Indian Keczua to prawie na pewno przypadkowa zbieżność.

kliknij aby zobaczyć w powiększeniu

rh-ecu2

 

Wykres Principal Component Analysis (PCA)

Wykres wyszedł bardzo ciekawie i tworzy charakterystyczny układ, zbliżony do trójkąta,  jak na niektórych wykresach, szczególnie PCA wg autosomalnego DNA (zobacz).

kliknij aby zobaczyć w powiększeniu

pca2-rh

 

Wykres Principal Component Analysis (PCA) w 3D.

Można go obracać. PC1 oś x, PC2 oś y, PC3 oś z.

kliknij aby otworzyć

RH all populations PC1 y PC2 x PC3 z

pca-all-rh2

 

autor portalu: Łukasz M.


 Na podstawie:

  Benevolenskaja J. D., O haraktere polimorfisma populacji celoveka po sistema Rezus [w:] red. Alekseev V.P., Antropologija i Genografija, 1974

 

Menu portalu