Gedrosia K15 - wielocechowa analiza populacji całego świata, na bazie autosomalnego DNA
- Szczegóły
- Kategoria: międzypopulacyjne analizy autosomalnego DNA
- autor: Łukasz M.
Wszystkie analizy autosomalnego DNA dla wybranych populacji z całego świata tutaj.
Analiza przy wykorzystaniu danych z arkusza Gedrosia K15 pobranego z Gedmatch.com.
Arkusz ten, podobnie jak Harappa World zawiera głównie popualcje z Azji południowje i środkowej. Wiec jest to analiza z perspektywy głównie indyjskiej.
Dla 129 populacji z całego świata z procentowymi częstościami 15 komponentów regionalnych: SE_Asian, Burusho, Balochi, Siberian, Kalash, Caucuses, SW_Asian, E_Asian, Paniya, E_African, WHG, NE_Indian_Tribal, EEF, Onge, W_African.
Kolory dane przez mnie dla teoretycznych grup regionalnych populacji (nie mylić z komponentami regionalnymi auDNA), dla lepszej wizualizacji danych.
Pobierz arkusz procentowymi częstościami komponentów dla wszystkich populacji.
Dendrogram (UPGMA - metoda nieważonych średnich połączeń) wg metryki odległości Morisita
Kliknij w obrazek by go powiększyć.
W kolejnych krokach od reszty populacji oddzielają się poczynając od dołu:
- Paniyas (południowoindyjski izolat)
- Ngananasanie (syberyjski izolat)
- Kalasze (izolowana populacja z pogranicza Pakistanu i Afganistanu)
- populacje pochodzenia subsaharyjskiego (Siddi to potomkowie wschodnich Afrykanów żyjący w Indiach i Pakistanie)
- populacje mongoloidalne Azji Wschodniej, Północnej i częściowo Środkowej
Następnie podział na dwa klastry:
- południowoazjatycki (i częściowo środkowoazjatycki), gdzie najpierw oddzielają się Andamańczycy
- zachodnioazjatycki i europejski dzielący się na te dwie podgrupy, na dole od nich obydwu oddziela się klaster Sardyńczyków i genomów wczesnych neolitycznych rolników
PCoA - dla dwóch pierwszych współrzednych
Grupy i ich kolory jak na dendrogramie.
Kliknij obrazek by powiększyć
MDS (skalowanie wielowymiarowe)
Tu akurat Kalasze grupują się z Europą Wschodnią co ciekawe.
kliknij w obrazke by go powiększyć.
Na podstawie:
- www.gedmatch.org (arkusz Grdrosia K15)
-------------------------
Statystyka:
- Użyłem programu statystycznego do dendrogramów i wykresów - PAST (PAleontological STatistics) 3.12 (http://folk.uio.no/ohammer/past/)
- http://folk.uio.no/ohammer/past/past3manual.pdf - omówienie metod użytych w dendrogramach i wykresach generowanych przez program PAST
