Home Wielocechowe analizy statystyczne - genetyka populacyjna globalne międzypopulacyjne analizy autosomalnego DNA Gedrosia K15 - wielocechowa analiza populacji całego świata, na bazie autosomalnego DNA

Gedrosia K15 - wielocechowa analiza populacji całego świata, na bazie autosomalnego DNA

 Wszystkie analizy autosomalnego DNA dla wybranych populacji z całego świata tutaj.

 Analiza przy wykorzystaniu danych z arkusza Gedrosia K15 pobranego z Gedmatch.com.

Arkusz ten, podobnie jak Harappa World zawiera głównie popualcje z Azji południowje i środkowej. Wiec jest to analiza z perspektywy głównie indyjskiej.

Dla 129 populacji z całego świata z procentowymi częstościami 15 komponentów regionalnych: SE_Asian, Burusho, Balochi, Siberian, Kalash, Caucuses, SW_Asian, E_Asian, Paniya, E_African, WHG, NE_Indian_Tribal, EEF, Onge, W_African.

Kolory dane przez mnie dla teoretycznych grup regionalnych populacji  (nie mylić z komponentami regionalnymi auDNA), dla lepszej wizualizacji danych.

Pobierz arkusz procentowymi częstościami komponentów dla wszystkich populacji.

Dendrogram (UPGMA - metoda nieważonych średnich połączeń)  wg metryki odległości Morisita

Kliknij w obrazek by go powiększyć.

 morisita

W kolejnych krokach od reszty populacji oddzielają się poczynając od dołu:

  • Paniyas (południowoindyjski izolat)
  • Ngananasanie (syberyjski izolat)
  • Kalasze (izolowana populacja z pogranicza Pakistanu i Afganistanu)
  • populacje pochodzenia subsaharyjskiego (Siddi to potomkowie wschodnich Afrykanów żyjący w Indiach i Pakistanie)
  • populacje mongoloidalne Azji Wschodniej, Północnej i częściowo Środkowej

Następnie podział na dwa klastry:

  • południowoazjatycki (i częściowo środkowoazjatycki), gdzie najpierw oddzielają się Andamańczycy
  • zachodnioazjatycki i europejski dzielący się na te dwie podgrupy, na dole od nich obydwu oddziela się klaster Sardyńczyków i genomów wczesnych neolitycznych rolników

 

PCoA - dla dwóch pierwszych współrzednych

Grupy i ich kolory jak na dendrogramie.

Kliknij obrazek by powiększyć

pcoa

 

MDS (skalowanie wielowymiarowe)

Tu akurat Kalasze grupują się z Europą Wschodnią co ciekawe.

kliknij w obrazke by go powiększyć.

mds

 

 

  Na podstawie:

  1. www.gedmatch.org (arkusz Grdrosia K15)

-------------------------

Statystyka:

  1. Użyłem programu statystycznego do dendrogramów i wykresów - PAST (PAleontological STatistics) 3.12 (http://folk.uio.no/ohammer/past/)
  2. http://folk.uio.no/ohammer/past/past3manual.pdf - omówienie metod użytych w dendrogramach i wykresach generowanych przez program PAST

Menu portalu