Home Wielocechowe analizy statystyczne - genetyka populacyjna globalne międzypopulacyjne analizy autosomalnego DNA Wielowymiarowa analiza skupień autosomalnego DNA (auDNA) dla populacji z całego świata, na podstawie procentowych częstości występowania domieszek regionalnych

Wielowymiarowa analiza skupień autosomalnego DNA (auDNA) dla populacji z całego świata, na podstawie procentowych częstości występowania domieszek regionalnych

Przeprowadziłem porównawczą wielowymiarową analizę statystyczną (w programie PAST 3.12) zróżnicowania DNA autosomalnego (auDNA lub atDNA) dla wybranych populacji z całego świata. Między innymi dla porównania z niedawną analizą zróżnicowania haplogrup DNA dla populacji Eurazji (zobacz).  Dane jakie wykorzystuje w określaniu skupień wśród badanych populacji to procentowe częstości występowania komponentów (domieszek) regionalnych  autosomalnego DNA.

DNA autosomalne jest dziedziczone po obu rodzicach. W trakcie tego procesu dochodzi do rekombinacji materiału genetycznego. W naszym auDNA przechowujemy informacje genetyczną dziedziczoną po wielu przodkach z każdej rodzicielskiej linii, wiele pokoleń wstecz.Umożliwia ono miedzy innymi poznanie domieszek, które teoretycznie mogą wskazywać na  pochodzenie z danych regionów świata / grup etnicznych (zobacz więcej).

Do tego celu służą testy genetyczne dla DNA autosomalnego, które można wykonać za opłatą w firmach je badających (zobacz więcej). Używa się tam m.in. kalkulatorów domieszek (admixture calculator) stworzonych w tzw. Ancestry Projects jak Eurogenes, Dodecad czy Harappa. Na blogach związanych z danymi projektami można znaleźć arkusze z danymi setek populacji lub tysięcy indywidualnych osobników przebadanych pod kątem procentowego występowania regionalnych komponentów auDNA. Tamże jest też podane z jakich badań pochodzą dane itd (zobacz więcej).

Sporo na temat testów autosomalnego DNA również tutaj (po polsku) http://www.genealogiagenetyczna.com/2016/07/jaki-jest-zasieg-autosomalnego-testu.html

Artykuł podzielony na części:

  • Analiza na bazie arkusza K15 z www.eurogenes.blogspot.com z danymi 225 populacji (współczesnych i pewnej ilości wyników analizy genomów szczątków prehistorycznych osobników przebadanych pod kątem auDNa jak Loschborn, Motala itd.) z podanymi 15 komponentami regionalnymi auDNA:  North_Sea, Atlantic, Baltic, Eastern_Euro, West_Med, West_Asian, East_Med, Red_Sea, South_Asian, Southeast_Asian, Siberian,Amerindian, Oceanian, Northeast_African, Sub-Saharan. 
  • Analiza przy pomocy danych z arkusza globe13 z  Dodecad Project (dodecad.blogspot.com). Dla 286 populacji z całego świata z procentowymi częstościami 13 komponentów regionalnych: Siberian,Amerindian,West_African, Palaeo_African, Southwest_Asian, East_Asian, Mediterranean, Australasian, Arctic, West_Asian,North_European, South_Asian, East_African.
  • Analiza przy pomocy danych z arkusza HarappaWorldAdmixture z  Harappa Ancestry Project (harappadna.org). Dla 386 populacji z całego świata z procentowymi częstościami 16 komponentów regionalnych: S Indian, Baloch, Caucasian,   NE Euro, SE Asian, Siberian, NE Asian, Papuan, American, Beringian, Mediterranean, SW Asian, San, E African, Pygmy, W African.
  • Analiza przy pomocy danych z arkusza MDLP World22 z Magnus Ducatus Lituaniae Project Magnus Ducatus Lituaniae Project. Dla 273 populacji z całego świata z procentowymi częstościami 16 komponentów regionalnych: Pygmy, West-Asian, North-European-Mesolithic, Indo-Tibetan, Mesoamerican, Arctic-Amerind, South-America_Amerind, Indian, North-Siberean,   Atlantic_Mediterranean_Neolithic, Samoedic, Indo-Iranian, East-Siberean,  North-East-European, South-African,  North-Amerind, Sub-Saharian, East-South-Asian, Near_East, Melanesian, Paleo-Siberian, Austronesian.
  • Analiza przy wykorzystaniu danych z arkusza PuntDNAL K15 Modern pobranego z Gedmatch.com. Dla 134 populacji z całego świata z procentowymi częstościami 12 komponentów regionalnych: Sub-Aharan, Amerindian, South_Asian, Near_East, Siberian, European_HG, Caucasus_HG, South_African_HG, Anatolian_NF, East_Asian, Oceanian,  Beringian.

  • Analiza przy wykorzystaniu danych z arkusza Gedrosia K15 pobranego z Gedmatch.com. Dla 129 populacji z całego świata z procentowymi częstościami 15 komponentów regionalnych: SE_Asian, Burusho, Balochi, Siberian, Kalash, Caucuses, SW_Asian, E_Asian, Paniya, E_African, WHG, NE_Indian_Tribal, EEF, Onge, W_African.

 


Więcej informacji

  1. http://isogg.org/wiki/Admixture_analyses - wyjaśnienie procedur ustalania pokrewieństwa wg DNA autosomalnego
  2. http://isogg.org/wiki/Portal:Autosomal_DNA
  3. https://www.legacytree.com/blog/exploring-ethnicity-dna-part-ii-autosomal-testing
  4. http://www.nature.com/news/2010/101215/full/468880a.html - artykuł o blogerach "genetycznych"

 

autor portalu: Łukasz M.

 

Menu portalu